Il mondo di Amawa è governato da una principessa, eletta ogni sessant'anni tra le ragazze della famiglia Hime.
La sovrana, oltre a governare il regno, può influenzare e governare il potere delle Hayagami, potenti divinità dall'aspetto di spade.
La storia si apre con la scoperta che la famiglia Hime non ha generato figlie per molti anni: l'unico nato è stato infatti un ragazzo di nome Arata. La nonna di Arata convince il nipote a travestirsi da donna, in modo da partecipare alla cerimonia di successione e darle così il tempo di cercare una degna erede. Dopo le comprensibili esitazioni, Arata acconsente.
Le cose, tuttavia, non vanno come sperato: durante la cerimonia, i Dodici Custodi (十二神鞘?) tradiscono la principessa e attnano di assassinarla, in modo da liberare il vero potere delle loro Hayagami. Durante la confusione il travestimento di Arata viene scoperto, dando ai Custodi il pretesto per accusarlo pubblicamente del misfatto.
Contemporaneamente, nel Giappone odierno, vive un altro Arata, Hinohara. Questi si appresta ad iniziare il primo anno di liceo, carico di speranze: desidera infatti gettarsi alle spalle le persecuzioni dei bulli, che lo hanno tormentato durante le scuole medie.
Mentre Arata Hime fugge dai Custodi ed Arata Hinoara attraversa un vicolo, i due ragazzi vengono magicamente scambiati, senza che le persone attorno a loro notino l'accaduto.
Arata Hinoara rimane quindi coinvolto nella guerra tra i Dodici Custodi per il trono di Amawa. Qui, il giovane giapponese scopre non solo di essere lui stesso un custode, ottennedo l'Hayagami "Origine", ma anche che la principessa Kikuri, ancora viva, lo incarica di portarle "Origine", prima che la sua vita giunga al termine.
Arata Hime si trova invece ad affrontare Kadowaki, il più ostile dei compagni di classe di Hinoara. La sua esperienza nel Giappone contemporaneo, mondo per lui totalmente estraneo, si rivela quindi più complessa del previsto.